AnimeExisten dos adaptaciones al anime debido a las grandes diferencias del primer anime y el manga, ya que la autora de la serie comentó que no quería repetir el mismo final en ambos formatos.[53] Posteriormente se creó una segunda serie de anime para que siguiera la historia original del manga. El primer anime, Fullmetal Alchemist, se estrenó el 4 de octubre de 2003, mientras que el segundo, Fullmetal Alchemist: Brotherhood, se inició el 5 de abril de 2009.
Full Metal Alchemist:Director : Seiji Mizushima
Creador original: Hiromu Arakawa
Guión:Akatsuki Yamatoya, Aya Yoshinaga
Dirección artística:Kazuyuki Hashimoto
Efectos especiales:Miyako Hoshi, Yukiko Kakida
Diseño de personajes:Yoshiyuki Ito
Edición:Hiroaki Itabe
PlanificaciónHideo Katsumata, Koushi Taguchi
Dirección de sonido:Masafumi Mima
Efectos de sonido:Shizō Kurahashi
Música:Michiru Ōshima
Grabación:Fujio Yamada
El anime Fullmetal Alchemist, dirigido por Seiji Mizushima, producido por las compañías japonesas BONES, Aniplex y Mainichi Broadcasting System,comenzó a transmitirse en Japón el 4 de octubre de 2003 por MBS-TBS y Animax hasta su final el 2 de octubre de 2004 con un total de 51 episodios de unos veinticuatro minutos cada uno;teniendo una audiencia de 6.8 por cierto de televidentes.Arakawa permitió durante el desarrollo del anime que el personal encargado trabajara independientemente y pidió que tuviera un final distinto al manga. En el 2003 el anime ganó el premio Anime Grand Prix en la categoría «Mejor anime», en el 2007 ganó el premio American Anime Awards en cinco categorías distintas y en un ranking publicado por TV Asahi sobre los cien mejores anime del 2006, Fullmetal Alchemist alcanzó el primer puesto. DVD de la serie también han sido lanzados a la venta desde el 17 de diciembre de 2003.
Más tarde se creó la película Fullmetal Alchemist: Conquistador de Shamballa, la cual fue una secuela que concluyó con la historia del anime y se estrenó en Japón el 23 de julio de 2005. Asimismo se han creado múltiples OVA, la mayoría de éstas son historias divergentes al argumento original de la serie. Una de las OVA también incluye escenas de live action, donde Alphonse recorre una ciudad en busca de su hermano Edward. En marzo de 2006, un DVD con estas OVA fue lanzado en Japón con el nombre de «Fullmetal Alchemist: Premium Collection», y en enero de 2009 BONES publicó un «DVD box archives» del anime, el cual incluye los 51 episodios del primer anime, la película, la banda sonora y algunas guías sobre la serie.
El doblaje en español de este anime se realizó en dos versiones diferentes, una en Venezuela para Hispanoamérica y otra en España; por medio de la licencia The Licensing Machine, ambos países reciben la serie para su producción en español. El doblaje en España fue realizado en los estudios Abaira de Madrid, mientras que el doblaje en Venezuela fue realizado por la compañía Estudios Lain de Caracas. En España, Fullmetal Alchemist fue transmitido por Buzz, y en Venezuela, México, Argentina, Perú, República Dominicana (en español) y Brasil (en portugués) por Animax Latinoamérica, en Colombia la serie fue emitida por Caracol Televisión. Otras cadenas que han emitido la serie son: Adult Swim (Estados Unidos, Australia),RedeTV! (Brasil),Animax Asia (India), Animax Europa (Eslovaquia, Hungría), MTV Italia, Cartoon Network Italia (Italia),Chilevisión (Chile), MCM, Canal + (Francia), Gama TV (Ecuador).
Fullmetal Alchemist: Brotherhood:Director:Yasuhiro Irie
Guión:Hiroshi Ōnogi
Dirección artística:Takeshi Satō
Diseño de personajes:Hiroki Kanno
Diseño de color:Soko Nakao
Dirección de sonido:Masafumi Mima
Efectos de especiales:Masataka Ikegami, Satomi Ryūkaku
MúsicaAkira Senjū
Fullmetal Alchemist: Brotherhood es la segunda serie de anime de la franquicia Fullmetal Alchemist, no obstante el título de esta serie continúa siendo «Fullmetal Alchemist» en la versión japonesa. Aunque para diferenciarlos usan Hagane no Renkinjutsushi: Fullmetal Alchemist (鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST, Hagane no Renkinjutsushi: Furumetaru Arukemisuto?, abreviado como 鋼の錬金術師FA).[80] En el volumen veinte del manga, la autora, Hiromu Arakawa, anunció que un segundo anime se estaba produciendo, esta vez dirigido por Yasuhiro Irie y producido igualmente por BONES. El anime se comenzó a emitir en Japón el 5 de abril de 2009 por MBS-TBS, hasta que llegó a su final el 4 de julio de 2010 con 64 episodios, los cuales fueron más fieles al argumento del manga. Los DVD de la serie se comenzaron a difundir en Japón por Aniplex y Blu-ray desde el 26 de agosto de 2009 con dos episodios cada disco, además de un OVA llamado El alquimista ciego (盲目の錬金術師, Momoku no Renkinjutsushi?), el cual es una especie de gaiden. Un segundo OVA, Gente sencilla (シンプルな人々, Shinpuru na Hitobito?) fue publicado el 23 de diciembre de 2009. La tercera OVA, Historia de un maestro (師匠物語, Shishō Monogatari?) fue lanzada el 21 de abril de 2010. No obstante, los próximos DVD que saldrán a la venta constarán de cuatro episodios sin OVA.
Esta serie todavía no ha sido doblada al español, pero las cadenas que actualmente la emiten son: Adult Swim (Estados Unidos), Animax Europa (Hungría), MTV Italia (Italia), Dybex (Francia), Animax Asia (China), TV5 (Filipinas), y TVB J2 (Hong Kong).